L'établissement est partagé en quatre pôles de psychiatrie adultes dont un universitaire, un pôle de pédopsychiatrie universitaire et un service d'addictologie :

Pôle de Psychiatrie d'Urgence Arcachon-Médoc (PUMA)

 Chef de Pôle : Dr Chantal BERGEY

• 3 Unités à d'Hospitalisation à Temps Plein (UHTP) sectorielles
• 1 Unité de Réhabilitation
• 2 Hopitaux de Jour (HDJ)
• 3 Centres Médico-Psychologiques (CMP)
• 1 Service d’Évaluation de Crise et d'Orientation Psychiatrique (SECOP)
• 1 Équipe Mobile Géronto-Psychiatrie
• 1 Équipe Psychiatrique d' Intervention et de Crise/ Consultation Famille Sans Patient  (EPIC)

Pôle Universitaire de psychiatrie Adulte (UnivA)

Chef de Pôle : Pr Hélène VERDOUX

• 3 UHTP sectorielles
• 1 UHTP de réhabilitation
• 1 UHTP intersectorielle spécialisée dans les troubles bipolaires avec des places d'HDJ
• 1 réseau de psychiatrie périnatale avec UHTP Mère-Enfant (UME) et 1 HDJ situé à la maternité du Groupe Hospitalier Pellegrin (CHU Bordeaux)
• 1 UHTP Intersectorielle de géronto-psychiatrie (UISG) située à X. Arnozan (CHU de Bordeaux)
• 1 Unité Inter-sectorielle d'électroconvulsivothérapie avec un HDJ
• 1 Equipe de psychiatrie de liaison
• 3 CMP
• 1 HDJ

Pôle Bordeaux Santé Mentale (BSM)

Chef de Pôle : Dr Karine JEZEQUEL

• 4 UHTP sectorielles
• 1 UHTP de réhabilitation
• 2 CMP
• 2 HDJ
• 1 Equipe Mobile Psychiatrie Précarité (EMPP)
• 1 EMPP Migrants
• 1 Service d'Hospitalisation A Domicile (HAD)

Pôle 3/4/7

 Chef de Pôle : Dr Arnaud DELOGE

• 3 UHTP sectorielles
• 2 UHTP de réhabilitation
• 2 HDJ
• 3 CMP
• 1 HAD
• 1 Service Médico-Psychologique Régional (SMPR)
• 1 Centre de Ressource pour les Intervenants auprés des Auteurs de Violences Sexuelles - ERIOS Inter-CD
• 1 Centre de Référence Régional des Pathologies Anxieuses et dela Dépression (CERPAD) et 1 Centre Expert Depression Résistante
• 1 Centre Expert Troubles Bipolaires (CEB)
• 1 Centre Expert Schizophrénie (CES)

Pôle Universitaire de Psychiatrie de l'Enfant et de l'Adolescent (PUPEA)

 Chef de Pôle : Pr Manuel BOUVARD

Le Service d'Addictologie

 Chef de Service : Pr Marc AURIACOMBE